Neues Portal stellt globale Daten zur Antibiotikaresistenz bereit
„Antimikrobielle Resistenzen gehören zu den drängendsten Herausforderungen im globalen Gesundheitswesen“, sagte Helen Parkinson vom Europäischen Bioinformatik-Institut. Sie verringerten die Wirksamkeit lebensrettender Behandlungen und erhöhten das Risiko von Komplikationen bei medizinischen Routineeingriffen.
Erste Version basiert auf CABBAGE-Datenbank
Die erste Version des AMR-Portals basiere auf einem Datensatz des Imperial College London, der im Rahmen des Projekts „Comprehensive Assessment of Bacterial-Based Antimicrobial resistance prediction from GEnotypes“ (CABBAGE) erhoben wurde. „Ziel der CABBAGE-Datenbank war es, alle öffentlich verfügbaren Genom- und Antibiotikaresistenzdaten in einem einheitlichen, wiederverwendbaren Format zusammenzuführen“, erläuterte Leonid Chindelevitch, außerordentlicher Professor für Antibiotikaresistenz am Imperial College London.
Durch die Zusammenarbeit mit dem Europäische Bioinformatik-Institut bei der Erstellung des AMR-Portals seien diese Daten frei zugänglich, führte Chindelevitch weiter aus. Dies ermögliche es der globalen Forschungsgemeinschaft, Resistenzmechanismen effektiver zu erforschen, stärkere Erkenntnisse zur Unterstützung von Entscheidungen im Bereich der öffentlichen Gesundheit zu gewinnen und die Entwicklung genauerer Diagnoseverfahren zu fördern.
Grundlage für Training von Systemen des maschinellen Lernens
Indem es in großem Umfang hochwertige, strukturierte Daten bereitstellt, schafft das AMR-Portal nach Angabe des Bioinformatik-Instituts zudem eine Grundlage für das Training und Benchmarking von Systemen des maschinellen Lernens, die Resistenzen anhand von DNA-Sequenzen vorhersagen und die Erkennung und Überwachung von Resistenzen verbessern könnten.
Das Portal soll nach Angaben des Instituts weiterentwickelt werden. Geplant ist zum Beispiel, dass Forschungsgruppen ihre eigenen Daten zu Antibiotikaresistenzen beitragen können, einschließlich Laborergebnissen und veröffentlichten Studien. „Mit zunehmender Beteiligung weiterer Gruppen wird dieses Portal stetig wachsen und sich zu einer immer leistungsfähigeren Ressource für die globale AMR-Gemeinschaft entwickeln“, sagte John Lees, Gruppenleiter am Europäischen Bioinformatik-Institut.
